Di tích khảo cổ học là một trong những loại hình tài nguyên di sản văn hóa độc đáo, là một trong những giá trị phổ quát nổi bật của Quần thể danh thắng Tràng An. Thời gian qua, việc nghiên cứu, bảo tồn, phát huy giá trị di tích khảo cổ từng bước được tỉnh quan tâm, nhằm "đánh thức" tiềm năng, dần hình thành sản phẩm du lịch đặc sắc, tạo xu hướng phát triển bền vững, góp phần thúc đẩy vùng đất Ninh Bình phát triển toàn diện.
Các nhà khảo cổ trong và ngoài nước đến nay đã khẳng định: Quần thể Danh thắng Tràng An là một không gian bảo tồn khá nguyên trạng những giá trị lịch sử địa chất, địa mạo cùng với những giá trị về lịch sử sự sống, lịch sử tiến hóa của loài người, lịch sử của tín ngưỡng, tôn giáo, kiến trúc nghệ thuật... Tiềm năng tài nguyên di sản khảo cổ học tại Quần thể danh thắng Tràng An được thể hiện rõ qua di tích khảo cổ học thời tiền sử. Qua quá trình hợp tác nghiên cứu, khai quật khảo cổ học giữa các đơn vị nghiên cứu ở trong nước và quốc tế có thể khẳng định rằng, Tràng An là kho tư liệu đầy đủ, phong phú và nguyên vẹn cho chúng ta nghiên cứu về nhân loại thời tiền sử.
Trong kho tư liệu đồ sộ ấy cho thấy một truyền thống cư trú của con người tiền sửở Ninh Bình, một truyền thống sử dụng vùng đất, vùng biển của người tiền sử với nhiều nền văn hóa tiếp nối liên tục, kéo dài tới 30.000 năm, thể hiện trên 30 di tích khảo cổ học thời tiền sử được phát hiện và nghiên cứu. Hay như những khám phá khảo cổ học dưới lòng đất trong nhiều năm qua, diện mạo của kinh đô Hoa Lư ngày càng hiện rõ. Đó là thành quách kiên cố, có nhiều kiến trúc quy mô lớn và các cung điện, lầu gác được trang trí cầu kỳ mang đậm phong cách nghệ thuật riêng của thời Đinh và Tiền Lê; là cách bố trí quy hoạch hệ thống cung điện từ cấm thành đến hoàng thành, khu sinh hoạt tôn giáo...
Cùng với đó là những di tích thời Trần, tiêu biểu là Hành cung Vũ Lâm thời Trần, khác hẳn với hệ thống di tích thời Trần còn lại trên miền Bắc nước ta, với giá trị đặc trưng riêng biệt về địa chính trị-lịch sử-tôn giáo-văn hóa mà không nơi nào có được: Hành cung Vũ Lâm vừa là căn cứ kháng chiến chống quân Mông Nguyên; đồng thời cũng chính là nơi đầu tiên các vua Trần quy y Phật pháp-khởi nguồn dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử.
Giá trị tài nguyên di sản khảo cổ học ở Ninh Bình nói chung, Tràng An nói riêng chứa đựng cả những giá trị quá khứ, hiện tại và tương lai. Nhiều di tích khảo cổ học được phát hiện, không chỉ cung cấp các dữ liệu khoa học lịch sử quan trọng về quá trình hình thành, phát triển của Ninh Bình từ thời tiền, sơ sử đến các giai đoạn cách mạng hiện tại, mà còn được phát huy giá trị thông qua việc phát triển thành điểm đến, sản phẩm du lịch, như: Cố đô Hoa Lư, động Người Xưa (Vườn Quốc gia Cúc Phương), động Thiên Hà… bước đầu đem lại hiệu quả tốt.
Theo TS Võ Thị Phương Thúy, Viện Hàn Lâm Khoa học xã hội Việt Nam: Trong hơn 10 năm tiến hành các nghiên cứu ở Hoa Lư nói riêng và Tràng An nói chung theo hướng khảo cổ học cảnh quan, với những kết quả bước đầu đạt được từ các nghiên cứu cho thấy, triển vọng nghiên cứu và khai thác du lịch cảnh quan ở đây là rất lớn. Nếu đẩy mạnh các nghiên cứu khảo cổ học cảnh quan ở khu vực này, các kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp dữ liệu cho khá nhiều các sản phẩm du lịch nhằm khai thác giá trị độc đáo, nổi bật của lịch sử cảnh quan nơi đây.
Đơn cử, sau khi nghiên cứu lịch sử cảnh quan ở Hoa Lư, một số sản phẩm du lịch có thể khai thác như: Tour du lịch khám phá các vòng thành Hoa Lư, giúp khách tham quan hình dung và trải nghiệm trực tiếp cảnh quan độc đáo của kinh thành Hoa Lư, đó là các vòng thành tạo nên bởi các dãy núi đá vôi, các dòng sông (thiên tạo) và được khép kín bởi các đoạn tường thành bằng đất, gạch, và các con ngòi dẫn nước (nhân tạo).
Tour này có thể kết hợp nhiều loại hình di chuyển như xe đạp, xe máy qua các đoạn tường thành bằng phẳng như Thành Dền, Tường Đông; đi bộở các đoạn thành đất nhỏ như Tường Vầu, Tường Bim, Tường Bồ; leo núi ở các đoạn thành thiên tạo và các quèn núi như núi Hang Sung, núi Ngọn Đèn, quèn Vầu, quèn Dót. Hay một sản phẩm khác có thể được khai thác ở Hoa Lư đó là nếu có những nghiên cứu kỹ càng hơn về hệ thống đường nước ở Thành Nội và Thành Ngoại, có thể khai thác tour du lịch trên các đường nước cổ này...
Nếu làm được điều này, đây có thể là một nét đặc sắc nổi bật của du lịch Tràng An-Ninh Bình mà không di sản nào ở Việt Nam có được. Đó là một di sản luôn gắn liền với các hoạt động nghiên cứu khoa học chuyên sâu và khai thác được thế mạnh này để phát triển du lịch. Đây cũng có thể là một hướng đi đem lại nhiều giá trị phát triển bền vững cho du lịch ở Di sản Tràng An.
TS. Võ Thị Phương Thúy cũng cho rằng, điểm mấu chốt để có thể khai thác được tiềm năng du lịch từ các nghiên cứu khảo cổ học nói chung và khảo cổ học cảnh quan nói riêng ở Hoa Lư, đó là cần phải tiến hành song song hai nhiệm vụ: Đẩy mạnh các nghiên cứu khảo cổ học chuyên sâu nhằm có thêm hiểu biết về lịch sử cũng như cảnh quan của Hoa Lư; đặc biệt, cần đào tạo đội ngũ hướng dẫn viên chuyên về các tour du lịch khảo cổ học, bởi các kết quả nghiên cứu khảo cổ học mang tính chất chuyên ngành khá cao, nếu khách tham quan du lịch không có nền tảng kiến thức nhất định sẽ cảm thấy khó hiểu và khó bị hấp dẫn. Vì thế, việc đào tạo một đội ngũ các hướng dẫn viên chuyên biệt của các tour du lịch khảo cổ học ở Tràng An là điều cần thiết. Các hướng dẫn viên này sẽ được đào tạo bài bản và chuyên sâu về cả kiến thức du lịch cũng như khảo cổ học để có thể diễn giải các kết quả nghiên cứu khảo cổ học một cách dễ hiểu và hấp dẫn nhưng vẫn phải đảm bảo độ chính xác và truyền tải được giá trị khoa học, qua đó du khách có thể hiểu và dễ dàng tiếp cận hơn tới các kết quả nghiên cứu khảo cổ học có vẻ khô khan và khó hiểu.
Đồng chí Nguyễn Cao Tấn, Phó Giám đốc Sở Du lịch khẳng định: Xu hướng lượng khách du lịch khá lớn muốn tiếp cận với di tích khảo cổ, như là một trong những nhu cầu tự nhiên của con người là tìm hiểu về quá khứ, hiểu về thời đã qua, để nhận biết được cái mới trong hiện tại và mong muốn cao hơn nữa là dự đoán được tương lai. Việc bảo tồn di tích khảo cổ, tạo không gian cho khách du lịch tiếp cận được di tích, hiểu được giá trị của di tích mà không làm ảnh hưởng tiêu cực tới di tích cần thực hiện bài bản, công phu và cần được đầu tư lớn. Đồng thời, vai trò của cộng đồng rất quan trọng, bởi chỉ khi cộng đồng địa phương và nhiều người biết đến giá trị của di tích, cùng chung sức bảo vệ di tích tốt hơn, góp phần phát triển du lịch có trách nhiệm và bền vững.